Khoa Y là đơn vị trực thuộc Đại học Quốc gia TP. HCM, được thành lập ngày 23 tháng 6 năm 2009, với định hướng là một đơn vị đào tạo tiên tiến, chất lượng cao dựa trên mô hình Trường – Bệnh viện, kết hợp chặt chẽ giữa đào tạo với nghiên cứu khoa học và cung cấp dịch vụ chăm sóc sức khỏe. Khoa Y đã chính thức tuyển sinh khóa đầu tiên trong kỳ tuyển sinh đại học – cao đẳng năm 2010.
Khoa Y được định hướng phát triển theo cơ chế tự chủ cao về chuyên môn, là một Khoa Y mở, gắn bó mật thiết với hệ thống các trường đào tạo y dược trong cả nước, quan hệ chặt chẽ với các bệnh viện trong khu vực, phát huy những thế mạnh sẵn có của Đại học Quốc gia TP. HCM đa ngành, đa lĩnh vực để đào tạo ra những bác sĩ vừa hội đủ những yêu cầu chung theo quy định của Bộ Y tế, vừa mang những đặc thù riêng của Đại học Quốc gia-HCM.
Nhiệm vụ trọng tâm là đào tạo nguồn nhân lực có trình độ đại học, sau đại học, nghiên cứu khoa học nhằm đáp ứng yêu cầu phát triển kinh tế – xã hội trong khu vực.
Hàng năm, Trường PTNK đều đào tạo ra những học sinh xuất sắc đi thi Quốc gia và Quốc tế đạt thứ hạng cao cũng như đỗ thủ khoa các kì thi tuyển sinh Đại học.
